Не получается списать алкоголь. Бутылки проданы. Остатки висят.

Смотрим остатки, по ним делаем отчёт регистра 3. Если в регистре три по данным остаткам весь товар числится в ЕГАИС списанным то обращение в рар. Если же есть те которые в статусе в наличии а в базе реализованы меняем статус и списываем ручками, через акт списания.

Какое образование должно быть у начальника отдела ЕГАИС

Вопрос риторический :D P.S."Главное, чтобы костюмчик сидел"

Еще один вариант когда марки не приходят по отчету "Остатки ЕГАИС в 3-м регистре" - это когда марки старого образца и не были зарегистрированы в ЕГАИС.
В этом случае нужно сделать акт списания с причиной "иные цели". Если акт не спишется, то также написать в линию поддержки ФСРАР в личном кабинете ФСРАР тут.