Как продавать сыр по весу в честном знаке

Да.
Реализация весовой молочной продукции также отражается в системе честного знака.
Если у вас именно весовой товар, то вы выводите из оборота полностью:
всю головку сыра,
ведро сметаны,
ведро творога и другие продукты которые в дальнейшем будут продаваться покупателю на развес.
Списание в честном знаке осуществляется созданием документа "Вывод из оборота" с причиной "Фасовка". Указываются код маркировки с целой упаковки.
После оформления документа "вывод из оборота" продукт через кассу пробивается как обычный товар без признака маркировки.

у нас товар не весовой. Мы торгуем шинами