В ЕГАИС остатки списали. В декларации они минусом

Вы точно уверены, что остатки в ЕГАИС не списывались?
Если остатки были на организации, но деятельность не велась, то должна была подаваться алкогольная декларация. Она подавалась?
Возможно остатки в ЕГАИС списали, а вот в вашей программе учета это сделать забыли. Поэтому вы остатки видите.
Также возможно, что ваш предшественник подавая последнюю декларацию в самой декларации остатки обнулил.
Теперь когда вы формируете декларацию, то у вас идет двойное списание. отсюда и минус.