Может ли РАР запрашивать первичные документы

Если ТТН была отправлена покупателю, а потом отозвана, это значит, что вы загрузили машину, она выехала с вашего склада, а потом вернулась.
Если такое происходит, часто, то РАР может заинтересоваться почему у вас так происходит.
Если вы отправляете ТТН до того, как машина выехала с вашей территории, то вы нарушаете методологию учета алкоголя.

Если клиент отправил товар по егаис покупателю, грузовую машину отправил, по пути машина сломалась, требуется замена.
В этом случае ттн возвращают? И отправляют заново, как машину отправят?

Если машину вместе с алкоголем возвращают на склад отправителя, то ТТН отзывают, но не раньше чем машина с алкоголем будет на территории организации отправителя.
А вот если будут перегружать товар из одной машины в другую, то нужно уточнить порядок действий в ФСРАР.