Отличие вывода из оборота и списания

Это разные вещи.
Когда вы делаете вывод из оборота, то указываете причину "Фасовка".
Если при оформлении документа "Списание" в ТриАр, также можно выбрать "Фасовка", то это получается одно и тоже.
Если причина "Фасовка" не выбирается, то получается, что вы нарушаете методологию учета молочной продукции.
Думаю, что сейчас, пока в честном знаке еще неразбериха - это не особо важно, а вот позже уже будет отслеживаться и считаться нарушением.