ЕГАИС сопоставление номенклатуры

Нет.
Каждой алкогольной продукции должна соответствовать отдельная номенклатурная карточка.
Поэтому, если алкогольная продукция, в программе учета, определяется как новая, значит производитель внес ее в каталог алкогольной продукции и она чем то отличается от предыдущей, что у вас была. Для такой продукции нужно создавать отдельную карточку.

вот а если ничем абсолютно не отличается товар ( тот же ШК / завод / литраж и тд ) но ЕГАИС не сопоставляет автоматически эту позицию ? все равно надо делать новую карточку ?

Если по какой то причине поставщик создал новую карточку алкогольной продукции в каталоге ЕГАИС, то по идее вы должны создать новую карточку и у себя.
В вашей ситуации, чтобы не плодить карточки есть другой вариант.
Если вы уверены, что товар больше не будет приходить по старой алкогольной карточке, то
сопоставляем новую карточку к старой номенклатуре, при создании акта списания ЕГАИС, выбираем остатки по старой алкогольной продукции до нуля.
Потом как до нуля дойдете, то отвязываем старую карточку от номенклатуры.
Сложность двойных привязок в том, что когда создается акт списания ЕГАИС на основании документа "отчет о розничных продажах", то в него при множественных сопоставлениях подтягивается товар произвольно независимо есть он на остатке в ЕГАИС или нет.

Как должен выглядеть чек на маркированную обувь на сегоднишний день в идеале?

При пробитии чека, рядом с названием товара должна стоять буква М.
Если товар проверен в честном знаке и проверка прошла успешно, то будет выглядеть так M+]
Если товар проверялся в честном знаке, но не смог пройти проверку, по причине отсутствия доступа к честному знаку, то будет так M]
Если товар проверялся в честном знаке, но марка не прошла проверку, марка отсутствует в честном знаке , то знак будет таким.M-]