Остатки в регистре 3

Если использовать запрос акцизных марок с помощью отчета "остатки в 3-м регистре", то нужно делать для каждой марки отдельно. Запрос проводится каждые 10 минут. Запрашивается для каждой справки и алкогольной продукции.
Кроме этого можно сделать их документа "остатки ЕГАИС". В этом случае вы открываете документ, выбираете нужные вам позиции и делаете запрос. Однако хочу вас предупредить, что нужно следить, чтобы все нормально отработало. Сама я таким способом не пользовалась.
Еще есть обработка, которая позволяет запросить марки из 3-го регистра по нужным справкам. Достаточно эти справки отметить в списке.

Могут ли хранится акцизные марки на третьем регистре, а остатков на складе не будет?

Нет. Такого я не встречала ни разу.