Если покупатель не подтвердит накладную

Коды маркировки остаются на балансе отправителя до момента приёмки на стороне получателя.
Получатель такой товар не имеет права продавать.

Куда может поставщик пожаловаться, если покупатель не подтверждает накладные в ЭДО?

Для того чтобы обратиться в контролирующий орган, продавец должен иметь возможность доказать, что отгрузка товара была произведена.
Доказательством служит подписанная накладная в бумажном или электронном виде. И договор на основании которого была сделана отгрузка.
Если есть подписанные бумажные документы и не подтвержденные электронные документы, то в этом случае поставщик обращается в суд.
Однако хочу напомнить, что сейчас нет четкого закона, который бы обязывал покупателя подписывать документы в электронном виде.
Это то, что касается обычных накладных.
Если же дело касается маркированного товара, то тут все немного по другому. Если покупатель не подписывает накладную, то поставщик имеет право обратиться в систему честного знака. Потому, что не подтверждение УПД с маркированным товаром - это прямое нарушение ведения учета честного знака, что несет за собой наказание в виде штрафов.

Здравствуйте. Скажите пожалуйста, если клиент не подписывает документ в ЭДО, на поставщике это как то отразиться? Правильно ли я понимаю пока не подпишет в ЭДО у нас не спишется с баланса? p.s Занимаемся производством и продажей питьевой воды.

На данный момент у нас нет законодательного закрепленного регламента, который бы обязывал покупателя подписывать УПД в ЭДО.
На поставщике это никак не отразится, если вы имеете ввиду штрафы.
По поводу кода маркировки, то когда вы отправили документ с товаром покупателю, с вашей организации коды списались, и они как бы повисли на виртуальном складе, и уже вы их продать или списать не можете. Просто ждите, пока покупатель примет накладную.