Ожидаем регистрации участника в ГИС МТ

Это статус документов, который обычно появляется в том случае, если сам документ был сделан программе 1С и отправлен в систему честного знака. В самом документе при создании в системе учета были сделаны ошибки поэтому вывод из оборота товар не был сделан. Для того чтобы исправить эту ошибку нужно в программе учета отозвать документ, а потом сделать его правильно.

Можно ли отправить реализацию в честном знаке если клиент в честном знаке не зарегистрирован?

Нет. отправить УПД можно только зарегистрированному клиенту.
Если клиент не зарегистрирован в честном знаке и использует товар для собственных нужд, то в этом случае вы оформляете документ "Вывод из оборота" с пометкой, реализация и что товар отгружен не участнику честного знака для использования на собственные нужды.