Остатки на 2 регистре

Вам нужно эти остатки списать. Тем более у вас этого алкоголя уже нет.
Списать товар можно используя документ "Акт Списания ЕГАИС" причину выбрать потери.

Можно ли отменить акт списания ЕГАИС при списании остатков со второго регистра?

Нет. Акт списание со второго регистра отмене не подлежит. Если вы товар списали по ошибке, то вы можете его только поставить на баланс.
Можно конечно, написать письмо в ФСРАР через линию поддержки, с просьбой отменить проведение акта, но я ни разу не слышала, чтобы кому то акт отменяли.

Если у меня отрицательные остатки на втором регистре. Что делать?

Посмотреть можно ли эти остатки закрыть.
В ряде случаев это сделать возможно, но бывают и безнадежные ситуации.
Нужно рассматривать каждый случай индивидуально