1. Коды числятся за поставщиком, а не за вами. Товар вам продали, но коды маркировки вам не передали значит, в системе Честный ЗНАК они продолжают числиться на поставщике. Раз коды не перешли на вас, к вам они никакого отношения не имеют. Вся ответственность за непередачу кодов и невывод из оборота лежит на поставщике.

2. Вам ничего не грозит. Если будет проверка или санкции, пострадает поставщик именно он нарушил правила оборота маркированного товара. Вы в этой ситуации не являетесь участником оборота, так как приобрели товар для личных нужд и коды не принимали.

3. Ситуация с документами отдельный вопрос. То, что поставщик не отправляет документы по ЭДО, не влияет на вашу позицию в Честном ЗНАКе. Но если вам нужны закрывающие документы для бухгалтерии например, при УСН доходы минусы расходы тогда стоит потребовать от поставщика хотя бы транспортную накладную или иной подтверждающий документ, чтобы обосновать расходы. Без документов отчитаться расходами будет сложно.