ЕГАИС зависла накладная

В вашем случае статус накладной можно не менять, потому, в ЕГАИС вы уже отчитались о приемке товара, а в 1С статус - это информация для вас.
Однако если вас этот статус сильно смущает, то его можно поменять принудительно в регистре сведений Статус входящих документов ЕГАИС.
Для вас самым важным должны быть действия с алкоголем, который на ваш склад пришел.
Для немаркированного алкоголя - нужно будет перенести товар на второй регистр в ручную.
Для маркированного алкоголя - нужно будет поменять статус акцизных марок с не подтверждено н в наличии - это так же придется сделать ручками или использовать обработку Загрузка данных из табличного документа.

Чем грозит если в ЕГАИС зависла накладная?

Зависит от товара который поступил по накладной.
1. Накладная пришла с маркированным алкоголем. В этом случае если статус накладной не изменится, то нужно будет вручную изменить статус кодов маркировки в 1С. В связи с тем что накладная не изменила свой статус коды маркировки в программе также свой статус не поменяли и остались в статусе "не подтвержден".
Проверить и поправить это можно открыв регистр "Акцизные марки ЕГАИС".
2. Если товар не маркированный, то вам придется вручную создать документ "Передача во второй регистр".
К сожалению ссылка на автоматическое создание документа не доступна.

У меня в программе 1С Розница статус накладной "отправлен в УТМ". Что мне делать в этом случае?

Вам нужно воспользоваться сервисом check1.fsrar.ru и проверить статус накладной в ЕГАИС.
Если накладная имеет статус "Принята", то можно ничего не делать. В Егаис накладная принята, товар уже на вашем складе.
Если статус накладной "Проведена", то нужно удалить поменять статус накладной в 1С, или удалить протоколы "Акт подтверждения", и отправить данные в ЕГАИС еще раз.