Нет, самостоятельно вернуть код маркировки или сделать корректировку после подписанного УПД вы не можете. Код уже перешёл на баланс покупателя, и без его участия через ЭДО вы ничего с этим кодом не сделаете. Но есть варианты решения ниже разбираю каждый.

   Что произошло с точки зрения Честного ЗНАКа
-> После того как обе стороны подписали УПД, коды маркировки автоматически перешли на баланс покупателя. Вы как поставщик больше не являетесь владельцем этих кодов и не можете их отозвать, скорректировать или вернуть без участия второй стороны.
-> Покупатель оказался в ситуации, когда у него на балансе в Честном ЗНАКе числится код, а физического товара по этому коду нет. Это проблема не только ваша, но и его при проверке или при попытке продать этот фантомный код у него возникнут сложности.

   Можно ли оформить акт расхождения после реализации?
Акт расхождения (ТОРГ-2) фиксирует расхождения при приёмке, но он работает по-настоящему только до подписания УПД. Если покупатель подписал УПД без расхождений, то акт задним числом ситуацию в Честном ЗНАКе не исправит система уже провела переход прав.

Что можно сделать три варианта
   Вариант 1. Аннулирование УПД (самый чистый)
Нужно: согласие покупателя и подпись с его стороны в ЭДО.
Минус: покупатель должен хоть как-то участвовать в процессе.
   Вариант 2. УКД (корректировочный документ)
Вы (поставщик) формируете универсальный корректировочный документ (УКД), в котором уменьшаете количество товара указываете фактически отгруженное. В разделе До будут все коды из исходного УПД, в разделе После только реально переданные.
Нужно: покупатель должен подписать УКД в ЭДО.
Минус: опять требуется участие покупателя.
   Вариант 3. Обратная реализация (если УКД не подходит)
Если УКД по каким-то причинам не проходит, покупатель может оформить УПД на возврат (обратную реализацию) с указанием кода маркировки лишней единицы. После подписания этого УПД поставщиком код вернётся на ваш баланс.
Нужно: покупатель формирует документ то есть его активное участие.
Минус: самый трудоёмкий вариант для покупателя.

-> Покупатель говорит, что не обязан это так?
Формально порядок маркировки не содержит прямой нормы покупатель обязан оформить возврат кода по требованию поставщика. Но есть важный момент: с кодом, который числится на покупателе без физического товара, у самого покупателя будут проблемы:

при инвентаризации расхождение между учётом и фактом
при проверке вопросы о фантомном товаре
при попытке продать невозможность отгрузить несуществующий товар.
Так что разрешить ситуацию в интересах обеих сторон. Покупателю выгоднее подписать УКД или согласовать аннулирование, чем потом объясняться с проверяющими.