ЕГАИС причины списания

Я перечислю их все, а вы выберете, то что вам подойдет.
Пересортица недостача продукции в результате пересортицы
Недостача недостача алкоголя в результате ее хищения, злоупотребления материально ответственных лиц, ошибок учета, естественной убыли и т.д.
Уценка списание продукции в результате порчи.
Порча - списание алкогольной продукции, не подлежащей дальнейшей реализации по причине боя, истечения срока годности или порчи.
Потери - потери алкоголя при транспортировке.
Производственные потери - списание продукции в результате производственных потерь (реализовано в УТМ версии 2.0.4).
Проверки - списание продукции, израсходованной на лабораторные нужды для прохождения добровольной проверки качества, рекламные образцы (требуется указание штрихкодов с ФСМ/АМ).
Арест - списание продукции изъятой из оборота, арестованной продукции или конфискованной продукции по решению суда (требуется указание штрихкодов).
Реализация - розничная реализация продукции, не подлежащей фиксации в ЕГАИС (с 01.01.2018г. будет требоваться указание штрихкодов).
Иные цели - списание продукции в том случае, когда невозможно считать штриховые коды с марок. Работает только при списании товара со второго регистра.

Я не могу понять а если я вместо потери поставлю недостачу будет ли это будет считаться ошибкой или нет?

Особой ошибки в этом нет. Пока я не слышала, чтобы кого то оштрафовали или выдвинули предупреждение.

Раньше я списывал товар на иные цели без использования штрих кодов. А сейчас я этого сделать не могу. Что случилось? Как списать?

Раньше на иные цели вы списывали со второго регистра, та так же без марок можно было списать на потерю и бой.
Сейчас второй регистр для реализации маркированной алкогольной продукции закрыт. Поэтому все операции проводятся на первом регистре.
Что касается если у вас нет товара, а списать его надо, то откуда взять марки. Марки запрашиваются из ЕГАИС.