Зависит от того что за товар из оборота выводите, и чей код маркировки пытаетесь ввести в оборот.
Например - если Вы приобрели табачную продукцию - делаете вывод из оборота, и пишет, что код не найден, то это проблема на стороне поставщика, вам привезли товар с одним кодом маркировки, а по ЭДО вы приняли другой.
Если Вы продали товар, а потом обнаружили его на складе и пытаетесь вывести из оборота еще раз, то так делать нельзя. Вы либо должны вернуть код маркировки через чек возврата или сделать перемаркировку.
Если дела касается других товарных групп честного знака, то также нужно анализировать конкретный случай.