Выяснить почему они увеличиваются.
Если при расходе появляются отрицательные остатки, значит Вы не правильно что то делаете.
Причины:
1. Нет принятых накладных от поставщика в системе честного знака.
2. Накладные есть, но товар который прошел от поставщика по накладной не соответствует товару который вы продаете. Пересортица. Ищите одинаковое название, но разные GTIN.
3. Вы покупаете товар но ваш поставщик выводит его из оборота вместо того чтобы передать его вам через ЭДО.