Продукция не внесена в поштучный учет ЕГАИС

В случае такой ошибки следует проверить акцизную марку.
Возможно она продана или списана. Или накладная в которой был приход данной продукции не была принята из ЕГАИС или была принята с ошибками.

А что из себя представляет поштучный учёт?

Поштучный учет, это когда принимают товар и списывают по акцизной марке. Акцизная марка является уникальной для каждой бутылки.

А как вносится продукция в поштучный учёт? Что это такое?

Поштучный учет - или еще его называют помарочный учет.
Если товар приходит от поставщика, то она уже внесен в поштучный учет и дополнительно вносить его не нужно.
Однако если рассматривать ошибку, которая возникает при пробитии чека, то это говорит о том, что в вашей программе учета есть проблемы или с подтверждением накладной есть проблемы и нужно разбираться.

Мы приняли накладную. У нас всё пробивалось нормально. А потом случайно накладную отменили. И теперь у нас ошибка "продукция не внесена в поштучный учёт ЕГАИС". Что вообще происходит?

Это значит, что в программе 1С розница изменился статус акцизных марок в регистре сведений Акцизные марки.
Исправить вашу ситуацию можно. Для этого нужно в ручную, или с помощью обработки "Загрузка данных из табличного документа" поменять статус акцизных марок с "Не подтверждена" на "В наличии".