Продукты пробили как алкоголь по ЕГАИС. Что грозит.

Точно сложно ответить на ваш вопрос. Нужно знать какой вид деятельности зарегистрирован в вашей организации по которой прошла реализация продуктов.
Если есть несколько видов деятельности - 47.2. Розничная торговля продуктами питания в магазине соответствует коду (Торговля розничная пищевыми продуктами, напитками и табачными изделиями в специализированных магазинах).
и код 47.25 Торговля розничная напитками в специализированных магазинах.
Тогда ничего не будет.
Если только 47.25, то в этом случае может прилететь штраф из налоговой. Но следует отметить, что сумма не очень большая и ее могут пропустить.