Как принять товар в честном знаке

Для начала нужно определиться, какой оператор использует ваш клиент.
Если это ЭДО-лайт, то одна схема приема накладной.
Если это обычный ЭДО, то другая.
Предположим что у клиента ЭДО-лайт.
В этом случае накладную вы принимаете в личном кабинете честного знака.
Для этого нужно войти в личный кабинет используя ЭЦП. Перейти на вкладку ЭДО-лайт входящие документы. Открыть накладную, проверить коды маркировки и подписать ее.

Если принимаем в обычном ЭДО, то нужно войти в личный кабинет ЭДО, раздел входящие документы. Найти нужную накладную, проверить коды маркировки и так же подписать ее.
После этих действий накладная появится в личном кабинете честного знака.
И уже после того как вы подтвердили накладную, вы оформляете документ поступления в вашей программе учета.

Если я подтверждаю накладную в самом честно знаке в личном кабинете. Этого достаточно для того, чтобы товар перешёл мне в собственность?

Да. Если вы подтвердили накладную в личном кабинете честного знака, и статус накладной поменялся на принят, то в этом случае товар перешел в вашу собственность и вы спокойно можете его реализовывать.

Как мне проверить коды маркировки. При принятии товара в личном кабинете честного знака?

Проверить - посмотреть документы в накладной, или проверить - это сравнить их с реально пришедшими кодами маркировки?

Если просто проверить, то откройте документ УПД - Раздел ЭДО - УПД входящие. Зайдите на вкладку "Товары" в документе УПД.

А вот если нужно сравнить коды которые пришли по УПД и реально приехали на склад, то по моему в честном знаке нет такого функционала для автоматической проверки.